Direktur Poltekbang Makassar menjalankan otonomi dalam bidang akademik, tata kelola, keuangan dan sumber daya. Direktur juga menyelenggarakan kegiatan Tridharma serta seluruh kegiatan penunjang dan pendukung lainnya untuk menjamin peningkatan mutu akademik Poltekbang secara berkelanjutan. Direktur dalam mengelola di Poltekbang Makassar dibantu oleh 3 Wakil Direktur yaitu Wakil Direktur I, Wakil Direktur II, dan Wakil Direktur III.

1. Wakil Direktur I merupakan Dosen yang mempunyai tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, pelatihan serta pemanfaatan sarana dan prasarana.
2. Wakil Direktur II merupakan Dosen yang mempunyai tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan, kepegawaian, dan umum, kesehatan serta pengembangan usaha, dan kerja sama.
3. Wakil Direktur III merupakan Dosen yang mempunyai tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan pembinaan administrasi ketarunaan dan alumni, pembangunan karakter, serta kesejahteraan taruna.